本片讲述的是民国初年，上海风云人物永贞去上海之前发生的一段永贞之父为了守护刀谱和宝藏的秘密，最后惨死在土匪手下，失去父亲的永贞不得不和母亲一起逃亡所展开的故事。

　　明朝有一个神秘的组织——玄衣卫，专门破获各种离奇事件，组员包括苗疆传人、萨满后裔等超自然界高手。故事讲述了玄衣卫被奸人陷害的几年后，邪恶组织过阴堂日益猖狂，皇城神枢营侍卫数月内多次无故失踪。皇帝大怒，特命玉麒麟彻查办此事。家国安危之下，前玄衣卫指挥使高建斌只身打探，在北镇抚司大战黑衣杀手，更是引出了背后更大的阴谋……

　　大唐，边境小城发生连环凶杀案，民众夜间看到神秘兵团运送财宝。武则天（杨恭如 饰）令狄仁杰（罗立群 饰）前去探案，狄仁杰了解到见过神秘兵团的人接连丧命，就连现场尸首也呈现“沙化”现象。前来寻亲的李少侠与调查案件陷入困境中的狄仁杰携手解密，在两人的共同努力下，一场颠覆大唐的阴谋逐渐浮出了水面......

　　狄仁杰（赵又廷 饰）大破神都龙王案后，高宗（盛鉴 饰）御赐神器亢龙锏，遭天后武则天（刘嘉玲 饰）嫉妒，天后为盗取亢龙锏陷害狄仁杰，召集了一帮会方术的“异人组”图谋不轨，并命令尉迟真金（冯绍峰 饰）带队。狄仁杰在医官沙陀忠（林更新 饰）的帮助下成功摆脱“异人组”迫害，并和尉迟真金商议和解，与此同时“异人组”刺客水月（马思纯 饰）却发现都城出现不明势力，在狄仁杰周旋于武则天的埋伏时，大唐陷入更深的危机，“封魔族”携异术登场，一场“屠魔”大战即将爆发……