亨利·戈尔丁饰演一名因背负了复杂过去而隐忍的独行者，代号蛇眼。一次偶然，他救下了岚影一族的准接班人，从而被邀请加入他们在日本的组织。在那里，岚影一族不但教会了蛇眼如何成为一名忍者，也给了他一直想要的一个家。但当蛇眼过去的秘密被逐渐揭开，他的信誉以及对组织的忠诚也将受到考验，即便这会使他会失去最亲近的人的信任。特种部队原著中的经典角色也将在《特种部队：蛇眼起源》中一一亮相。

　　尼古拉斯·布拉泽是一位退休的美国特工，曾在政府最黑暗的阴影中工作，这是一支精英“无形”团队的一部分，该团队悄悄带走了世界上一些最糟糕的恶棍。尼古拉斯被指责因为他的原因导致团队的几名成员曝光并被暗杀后，而他却失忆了，被撤职后的他在一个小镇过着简朴的生活，但家里也有一套完善的安全系统。一天，尼古拉斯的前同事埃利亚斯·凯恩找到他，请尼古拉斯帮他把女儿救回来。他无奈地回到了这个危险的世界中，一路上，自己失去一切的秘密逐渐被解开......