在人类的一项长久的计划中，30个少年被送往一颗新行星居住。但是在他们的船长离奇的死亡以后，年轻的船员们陷入了混乱的局面当中。在屈服于人类原始的兽性之后，这些少年分别集结成了不同的部落。

　　2248年，休眠的C40小队队长方毅（任天野 饰）和他的小队成员刘火（王韬 饰）、段依山（程汉 饰演）等被人工智能控制系统“长夜之光”唤醒，并将执行一项绝密任务——潜入基因药物研究中心，销毁所有药物及试验资料。而研究中心已经遭到Mr.Dee（丁海峰 饰）带领的黑羽会入侵，为了获得延长休眠的权限，C40小队必须接受这场生死行动……

　　地球航天基地捕捉到一组神秘的信号，科学家认为信号来自宇宙其他的文明。为探寻外星文明，舰长“原”驾驶着星际飞船——深空号，带领全船93名船员和智能机器人“柒”驶向宇宙，踏上星辰征途。但不久后，飞船神秘失踪。
　　150年后，深空号飞船突然出现在地球轨道附近，船上只剩下一名幸存的休眠者， 她是舰长原的恋人“尹”。人类航天部门成立临时委员会，对尹进行调查和询问，“深空号”的惊悚经历徐徐展开。

　　亨利·戈尔丁饰演一名因背负了复杂过去而隐忍的独行者，代号蛇眼。一次偶然，他救下了岚影一族的准接班人，从而被邀请加入他们在日本的组织。在那里，岚影一族不但教会了蛇眼如何成为一名忍者，也给了他一直想要的一个家。但当蛇眼过去的秘密被逐渐揭开，他的信誉以及对组织的忠诚也将受到考验，即便这会使他会失去最亲近的人的信任。特种部队原著中的经典角色也将在《特种部队：蛇眼起源》中一一亮相。