在繁忙的大都市，每个人在快节奏的世界中生活着，繁重的生活重担让他们无瑕估计其他，然而，总有一些阴影在时时影响着他们。
　　育美（梁洛施 饰）发现自己怀了男友阿翔（张孝全 饰）的孩子，但因为过去父母离婚后，母亲（李心洁 饰）难产而死的阴影一直笼罩着她，让她迷失了方向。育美几次想找阿翔商量，但梦想成为奥运拳击手的阿翔正因为眼疾的关系，濒临被禁赛的命运，不甘心失败的他，每天如着魔般练习，却不知不觉冷落了育美。育美思考再三提出分手。
　　育美的哥哥育男（柯宇纶 饰）从小跟随父亲生活，父亲去世后，渴望家庭温暖的他终于鼓足勇气，外出寻找失去联系的妹妹。阿翔寻找育美到海边，遇到一个与遭遇海难的父亲非常相像的男人。
　　没有影子的男人，能穿越时间的酒吧，疑似遭海难的父亲，人们必须直面自己的恐惧。究竟旧日恋人能否复合？失散兄妹能否重聚？一个关于爱情与青春的故事，在美丽的绿岛之滨，缓缓铺陈开来……

　　1966年，从新加坡返回香港想忘掉过去的周慕云（梁朝伟 饰）住进东方酒店的、同他曾经熟悉的数字2046只差一号的2047号房，开始了他的卖文生涯。眼前、曾经在他身边出现过的一个个女人（章子怡、王菲、张曼玉、刘嘉玲等 饰）经过他大脑的过影后，令他对时空产生疑惑，不但忘不了过去，一幕幕往事反而更加挥之不去。
　　为了与过去作更好的告别，他将生活的点点滴滴化为文字，写下小说《2046》（说只要搭上了前往2046的列车，人们就可以找回失去的记忆）。

　　佐敦（吴镇宇饰）因为欠下元朗大哥新界安（任达华饰）十多万赌债，被迫逃跑。而同一时刻，孤女Judy（吴君如饰）也带着行李离开丈夫，返回元朗。
　　佐敦好友嘉华（刘以达饰）在元朗遇见债主新界安，打电话给佐敦求救，佐敦赶往途中遇见Judy 在街上狂奔。Judy正赶往医院探望刚撞车的爷爷，佐敦好心相助，载她到医院后才去救嘉华。但一到便被殴至头破血流，入院疗伤又遇见Judy 。
　　Judy自与丈夫分开后，对别人的爱已没半点希望，再加上癌症而割去一边乳房，自信心已全失。但当遇上佐敦后，封闭的心门慢慢敞开......

　　一群离别原生家庭的小孩子，经莫姑娘（谈善言 饰）安排下，遇上天美姨姨（郑秀文 饰）和彬叔叔（陆骏光 饰）这个短暂的幸福中途站，天美姨姨亦因此经历十三年来从聚合到分离；遇上每一个孩子，他们却又再要分散，感受到喜悦也要经历分离的痛。

　　与世隔绝的海岛小渔村，忠厚善良的哑巴男孩阿水（古天乐饰）自小就没了父母，开了一个家庭旅馆兼杂货铺。阿水每天傍晚都会在面向大海的平台上打沙包，坐在木架边吹口琴。海风拂过，淡淡的生活节奏之于阿水简单而又幸福。假小子一般的女孩小四喜跟阿水很要好，几乎成了金水的翻译。然而这一切的平静生活，被一个从香港来到这个小岛度假的姑娘雯雯（蒙嘉慧饰）打破了。美丽温柔的雯雯住进了阿水家开的度假木屋里，渐渐地，她和阿水以及小四喜成为了好朋友，度过了非常愉快的几天。当雯雯就要离开的时候，阿水已经深深地爱上了她，可依旧没有勇气表白。
　　三年后，小四喜也离开了渔村，只有阿水一个人生活。阿水终于发现了那幅雯雯在墙上画给他的画。此刻，对雯雯万分思念的阿水终于决定去香港找她。然而意外发生了。

　　Jeannie（张柏芝饰）是一个空姐，与工程师Alan（陈奕迅饰）相遇在同一辆车上，之后便开始了他们的爱恋。刚开始的时候，两人都打得火热，深深投入到彼此的生活，如胶似漆。跟很多恋情一样，Alan厌倦Jeannie对他管太紧的方式，开始挣扎，Jeannie认为自己已把一切给了男友，便全身心投入感情，但渐渐的两人之间当初热恋的感觉不再，感情转淡。Jeannie努力挽回感情，两人也复合了，Jeannie在这时才发现自己已不再爱Alan了，导致最后分手收场。Jeannie消失于Alan的生活中，独自一人继续游走在繁华的都会里，寻找另一个“十二夜”，她也遇到了另一个令她心动的人。

　　艾琪（富田靖子 饰）是路易（陈小春 饰）在大陆唯一的亲戚，最近，因为相依为命的祖母去世，艾琪陷入了悲伤的低谷无法自拔，为了安慰和陪伴她，路易将艾琪接到了自己的家中同住。艾琪是个古怪的女孩，脑袋里装满了消极又怪异的奇思妙想，因为这性格，艾琪和路易以及路易那变性人母亲华姐（罗家英 饰）之间的关系十分紧张。
　　一次意外中，华姐去世了，直到失去至亲，路易才明白这其中的伤痛是如何的难以消解，亦开始慢慢理解艾琪曾经告诉他的人生道理。如今，在艾琪和路易的世界里只剩下他们彼此了，孤独和绝望中，这对男女究竟会迎来怎样的结局呢？

　　张婉婷“移民三部曲”之一，时间背景为中国大陆改革开放初期。
　　猴子（洪金宝）文革期间一声不吭离别家乡汕头台山偷渡赴美，立誓再也不回中国。16年来，他凭着中国人特有的小聪明和吃苦耐劳兢兢业业地做着的士司机，可是攒下的积蓄却是有限，不过身体倒是发福不少。熬不住思乡之苦下决心回乡时，他向伙伴借下八两金（金手表、金项链），又买大大小小物件若干好“衣锦还乡”。归家途中遭遇小波折，他借录“遗声”表达对父母、小妹的愧疚。
　　到家猴子发现父母陪小妹去了乡下偷生政策不许的第二胎，在今成妹夫的儿时玩伴的陪同下，他见到童年时的拌嘴表妹乌嘴婆（张艾嘉），后者像其时的许多广东人一样想去香港或美国，不过比他们幸运的是，她已拿到赴美的“签证”——未来的husband在纽约唐人街开有一家餐馆，来年春天会接她赴美，不久猴子与携弟弟的乌嘴婆一起回到乡下。与父母、小妹话过相思之苦，猴子像许多多年不曾归乡的归乡客一样，被中国特有的世故人情害得哑巴吃黄连。
　　猴子与乌嘴婆相处初期，讲话不忘夹带半生不熟的英文单词的乌嘴婆沉浸在对美国生活的浪漫幻想中，猴子不时泼去冷水，随着接触的深入，两人慢慢生出爱情，乌嘴婆渐渐不再提她的美国梦，但她的未来之路早已铺好，而猴子也在父母的安排下开始了相亲之旅。