人公童炎在救小女孩的时候被疾驰的车撞了，等他醒过来之后发现自己有了超能力，同时也加入了超能秘密组织。报到的时候童炎被分配给组织头号人物菲儿，此时菲儿发现了另一位头号人物拉格斯的阴谋，但是菲儿被暗器限制了能力，在观察童炎是否勇敢、善良、正义之后决定训练童炎，童炎的努力和改变让菲儿爱上了他，两人准备揭露拉格斯阴谋的晚上，菲儿用自己的超能力删除了童炎的记忆，等童炎醒过来之后碎片般的记忆让他感觉到好奇，童炎追寻着记忆的碎片终于找到了答案，童炎找到了拉格斯打碎了超能时钟，超能时钟钟声响彻天际，童炎醒过来发现是自己的一个梦，但是这个梦却如此真实，从此童炎改变了自己找回了自信。

　　709，是一个研究超自然现象的秘密机构，它的使命是研究科学不能解释的事件，查明这个世界的真相。新人特工金木水和拥有超能力的女特工董灵奉命调查1934年辽宁某地的坠龙事件，二人通过时空门回到1934年，欲解开历史上真实坠龙事件的背后真相，两人却发现自己陷入重重危机之中。

　　《超能特工学院》是具有科幻背景的一部影片，有一个专门为超能少年开设的超能学院，而主角欧阳佐为了寻找失踪多年的父母，也来到学校探求真相。期间，他和一众伙伴经历了有趣的校园生活，并逐渐解揭开了超能学院背后的巨大阴谋。