正享受短暂假期的公安九课少校草薙素子（坂本真绫 配音）突然接到巴特（松田健一郎 配音）的报告，西之内某处大厦遭受恐怖分子袭击，政府高官和商业巨擎被人杀害。在草薙的指挥下，九课的石川、波玛、帕兹、巴特等人通力合作，将恐怖分子彻底制服，但草薙在行动中意外受到神秘病毒感染。在西之内恐怖袭击的同时，远郊的水坝发生爆炸案。新滨县刑警陀古萨（新垣樽助 配音）传唤水坝管理企业负责人沙特博士，对方是来自饱经战火的卡森共和国的卡尔迪斯人。受警方高层施压，陀古萨没有得到任何有用信息。另一方面，草薙一方得知恐怖分子的真实身份，正是卡尔迪斯的游击队组织。两起案件意外联系在一起，其背后隐藏怎样的真相？
　　本片根据士郎正宗的原作改编，为攻壳机动队前传“ARISE”的第三部。

　　圣诞之夜，卡森共和国水企业和哈里曼达拉公司签订协议的大厦门外，无数群众声讨抗议。而就在此时，担任护卫的警察机动部队突然掏枪对示威群众展开无差别屠杀。血腥恐怖的事件背后，神秘病毒“火种”若隐若现。在与不明敌人对决过程中，草薙素子（坂本真绫 配音）和独立机动部队的同伴们救下了全身义体的少女津田艾玛（茅野爱衣 配音），其身上似乎隐藏着利用虚拟记忆进行恐怖活动的事实。公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）拒绝将其交给陆军情报部穗积上校（庆长佑香 配音），而是命令草薙将艾玛护送至501机关接受调查。草薙在少女身上不仅发现两个灵魂的存在，更触摸到了被官方、军方可以隐藏的悲惨真相……
　　本片根据士郎正宗的原作改编，为攻壳机动队前传“ARISE”的第四部。