科斯迪安（让-保罗•卢弗Jean-Paul Rouve 饰）是一名鸟类研究学者，对于鸟类学的热爱让他将毕生的精力都投入到了这个领域之中。失去了父母的白额雁无法学习迁徙的技巧，于是科斯迪安决定驾驶轻航指引幼鸟们从挪威迁徙到目的地法国。然而，在向巴黎博物馆申请经费时，科斯迪安却遭到了拒绝。
　　托马斯（路尔斯•瓦兹奎兹 Louis Vazquez 饰）来到了父亲的农舍度假，刚开始，这个男孩并不理解为什么科斯迪安总是如此的关心鸟类，但随着时间的推移，托马斯也渐渐被神奇的鸟儿所吸引。一天，科斯迪安震惊的发现，托马斯私自驾驶轻航踏上了引导鸟类迁徙的旅途。

　　五年前的“旧金山事件”虽已平息，但是帝王组织对泰坦巨兽的研究从未停止。这一日，位于61号基地的巨兽摩斯拉破茧而出。艾玛·罗素博士（维拉·法米加 Vera Farmiga 饰）利用手中的声波设备与暴走的摩斯拉建立联系，可是突然闯入的雇佣兵却将一切引向不可预测的方向。原来劫走艾玛的艾伦（凯尔·钱德勒 Kyle Chandler 饰），试图借助声波设备唤醒正沉睡在冰川中的远古巨兽基多拉。另一方面，芹泽博士（渡边谦 饰）辗转找到马克（凯尔·钱德勒 Kyle Chandler 饰），希望他能一同救回马克的前妻——艾玛博士。
　　然而事态逐渐失控，在人类欲望的趋势下，巨兽相继苏醒，更大的灾难笼罩在地球上空……