《庚子风云》讲述的是公元1900年及中国历庚子年，八国联军攻占北京，并占领紫禁城，皇太后慈禧为避祸携光绪帝、大阿哥等人仓惶逃离皇宫，来到西安，最后又安全回宫的故事。 慈禧太后临行前，由于政治立场不同的仇恨，将光绪皇帝深爱的妃子珍妃推入井中杀害。而当太后历尽千难万险来到古都西安时，却发现当地戏班的花魁白牡丹竟和珍妃长得一模一样！而这位本名斯琴的白牡丹却与在慈禧太后等人逃难至西安这条西行路上，给予了他们莫大帮助的一位从欧洲留洋五年回国的爱国青年陈然有着夙世姻缘，同时她也和陕西巡抚韩雨轩同样有着千丝万缕的关系。
1950年，山东村妇刘月季（刘佳 饰）接到离家出走多年的丈夫钟匡民（巫刚 饰）的来信，由于当年是包办婚姻，钟要求解除婚姻关系。刘月季带着孩子千里迢迢赶赴新疆，见到了已升任团长的钟匡民，同意跟他离婚。离婚后，月季与大儿子钟槐（耿乐 饰）一起在当地参加了工作，钟匡民则与美貌有文化的秘书孟苇婷（柯蓝 饰）结合了。钟槐与钟杨（王骁 饰）不能理解父亲的做法，认为他就是陈世美，后经多次沟通矛盾化解。钟槐阴差阳错结识了刘玉兰（崔波 饰），成亲后不久玉兰因救牧民羊群牺牲，而钟槐也因救人截去一条腿。钟匡民无暇照顾生病的盂苇婷，多亏刘月季竭力相帮，至到文革期间再次发病，关在牛棚的钟匡民都没能与妻子最后诀别......
