一个神秘的军事组织，通过改变基因将普通人改造为体能、反应和速度都远远高于常人的生物武器，并将它们贩卖给黑帮组织。强风（安志杰 饰）就是其中的一员，可是，善良的他并不愿意助纣为虐，而是选择逃离了组织的控制，化身为惩恶扬善的“黑侠”，在世界各地弘扬正义。
　　军事组织的首领宙斯得知了强风逃跑的消息，派出了冷血残酷的杀手梁，想要将强风捉拿归案。与此同时，一位疯狂的科学家企图将人类和动物的基因结合在一起创造出新的物种，结果可想而知，他得到的是一群半人半兽的怪物。科学家得知强风的血液能够帮助他走出研究的困境，于是亦对强风展开了追捕。

　　徐夕（李连杰）本是神秘杀手组织701部队里的一名冷血杀手，因为不想再做杀人工具，他逃离了该组织来到香港化身为一名普通的图书馆理员，因此结识警察石SIR并与之成为好友，不想701部队为追杀黑帮头目突然现身香港，一时石SIR及警方均束手无策，见好友处于危难中，徐夕挺身而出化 为黑侠。
　　黑侠让701部队的首脑熊菊（龙刚）大为震怒，遂派徐夕旧情人若兰规劝黑侠归顺，被徐夕断然拒绝，结果令图书馆除Tracy（莫文蔚）之外的诸同事皆丧命。为保护Tracy，徐夕再做黑侠采用强硬态度要带她走，遭不知黑侠就是其意中人徐夕的Tracy的拒绝。后在与熊菊一干人等对抗的过程中，徐夕渐从Tracy身上寻到自己想要的情感。

　　三个一起在孤儿院长大的好友德高（郑伊健 饰）、松鼠（陈小春 饰）、小蓝（陈慧琳 饰）成为了科学家，在美国中央情报局研究“人类潜意识”。他们得到消息称不法分子狂龙打算趁机在世界杯期间恶意把暴力意识传到东南亚，进一步引发金融风暴。
　　德高与松鼠、小蓝这几名出色的科学家成为了狂龙的目标。在松鼠结婚当天，他们杀死了松鼠的妻子，挟持了小蓝离开。德高与松鼠决心要报复与拯救小蓝，所以自愿接受了科学院里的潜意识训练，想通过训练成为杰出的打手。
　　可是在他们成功救出小蓝的时候，松鼠的意识发生了变异，错手杀死了德高的爱人小蓝。从此松鼠与德高各走各路，但对爱人逝世无法释怀的德高决定为女友报仇，一定要找到松鼠。