故事紧接上一季结尾，Kiera阻止了Liber8组织发动的恐怖袭击，但事情却远不止这么简单。当本季开始之时，市长被大胆的刺客刺杀，已经消失了一段时间的Kiera不得不再次出现，与Carlos联手调查这起案件。与此同时，Kiera尝试与Alec重新取得联系并缓解他们之间的紧张关系，但是Alec在读过未来自己所留的信息之后已经完全变了一个人。

　　故事将衔接TV版第三季结局紫悦(Twilight Sparkle)进化为天角兽(Alicorn)加冕成新公主之后的生活，此时水晶帝国的珍贵王冠被偷窃；为了寻回王冠，紫悦公主将接下重责大任，独自前往另一个平行世界；在那里，紫悦将发现平行世界中的穗龙(Spike)变成了一只狗，而自己则变成了有双手也能双腿站立的人类！身分将改为少女高中生，并重新相遇化身为人类版本的小马朋友们……