古老帝国拉普达是一座漂浮在空中的巨大的机器岛，传说那里已经无人居住，蕴藏着巨大的财富。因此，无论军方还是海盗，都在找寻着这座传说中的飞行岛。
　　矿工巴鲁这天偶遇拉普达继承人希达，两人一见如故。因为希达身上有找寻拉普达帝国的重要物件飞行石，军方和海盗两帮人马都在追杀希达。巴鲁带着希达一起逃亡，最终都没有逃出军方的手中，希达被军队掳走了。
　　为救朋友，只能选择与海盗合作。巴鲁与海盗成功救出了希达，同时，他们也发现了军方的邪恶计划。为了阻止军方邪恶计划的实施，他们和海盗一起踏上了寻找拉普达之旅。

　　高一那年夏天，帆高（醍醐虎汰朗配音）离开位在离岛的家乡，独自一人来到东京，拮据的生活迫使他不得不找份工作，最后来到一间专门出版奇怪超自然刊物的出版社担任写手。不久，东京开始下起连日大雨，仿佛暗示着帆高不顺遂的未来，在这座繁忙城市里到处取材的帆高邂逅了与弟弟相依为命，不可思议的美少女阳菜（森七菜配音）。「等等就会放晴了喔。」阳菜这样告诉着帆高，不久，头顶的乌云逐渐散去，耀眼的阳光洒落街道……原来，阳菜拥有「改变天气」的奇妙能力……