被人称为最后的名侦探结城新十郎，与他的拍档因果，组成了要解明这世上之谜及真实的侦探二人组合。在面对常理不能解释的谜题或案件时，凭着新十郎的推理及因果的协力，这些难题往往也会迎刃而解。但是，当新十郎对案件越发思考之时，他便发现某些地方的不对劲，并随着他的深入了解，他和因果更渐渐与某件大事件扯上关系。

　　时间是2025年。2020年被预定的东京奥运会由于大规模的恐怖袭击而被迫中止。主会场附近的湾岸区域，由于目前被联合国管辖而成为特别地域，成为了治外法权控制的地域。
　　冬月花，在这个湾岸区域居住的17岁的女子高中生。乍一看的话，与普通的女子高中生没有区别，实际上却是联合国管辖的特殊部队的一员。那一天她为了完成一项任务，而被转到了江之岛的某公立高中。
　　这一次的目标，是她的同学，名为七濑俊一的少年。
　　但是，在小花接近俊一的同时，一名中年男性也来到了这所高中拜访俊一。并且似乎是要追赶那名中年男性一般，驻日的美军也开始向小花和俊一所在的高中进发。
　　在漂浮着火药味的急速的战场中，还有一名少女走向了她所在的地方……